Fue desterrada de Colombia, luego de Ecuador, dijo la gente al verla abordar un bajel para cursar el río Guayas y desembocar en el Pacífico, buscando nuevo hogar para pasar el resto de sus días.
Pudo ir a Lima, donde tenía lujosas propiedades a su nombre, ya que seguía casada con míster James Thorne. Renunció a su vida antigua y echó raíces al desembarcar en un diminuto puerto pesquero de Piura, aldea que crecía impulsada por el negocio ballenero de naves inglesas y norteamericanas. El aceite de cetáceos era útil para iluminar candiles, producir cera para velas, jabón y cosméticos.
Allí, en Paita Town, como le decían los extranjeros, vivió en la miseria, acompañada de sus fieles Natán y Jonatás, en un pequeño rancho de caña que parecía una cajita de mimbre, revestida de barro y techo de paja. Para reunir pesos, comer y financiar su vicio favorito, montó aviso en la puerta.
“Tobacco-English spoken”.
Durante dos décadas, vendió cigarros y tabaco para mascar a marineros y oficiales en su pulpería. También ristras de ajo, sacos de arroz, verdura, fruta y dulces por encargo, exquisiteces preparadas por sus esclavas, así como también bordados de hilos de plata u oro, como esos que aprendió a hilvanar durante su niñez en el convento de Santa Catalina.
A finales de 1856, un mes antes de cumplir los sesenta años, luego de ver morir a sus fieles Natán y Jonatás por la epidemia de difteria, tener que lanzar sus cuerpos, ropas y pertenencias en una hoguera, sintió los primeros síntomas.
Al tanto que no tardaría en acompañar en otra vida a sus mejores amigas, negras obsequiadas por su padre antes de enclaustrarla, se echó en la hamaca, sudando la fiebre, con la piel hirviente, meciéndose con una pierna, delirando al ritmo del vaivén, como cuando aferraba su pelvis a la de su amado Simón.
Doña Manuela Sáenz de Thorne, Libertadora del Libertador, murió la tarde del 26 de noviembre, pidiendo aire, ahogada, luchando contra su propia flema. Su cadáver fue arrastrado, montado en carreta, junto al resto de los fallecidos del día, y conducido hasta una zona retirada en la cual armaban piras con madera seca, embadurnada de grasa de ballena, para la incineración de los difuntos.